Gdy likwidator wykona już wszelkie czynności likwidacyjne musi zgłosić do sądu wniosek o wykreślenie fundacji z rejestru. Przed tym jednak powinien złożyć do zatwierdzenia odpowiedniemu organowi fundacji swoje sprawozdanie z likwidacji zawierające także bilans zamknięcia likwidacji. Odpowiedni organ podejmuje w tym zakresie uchwałę zatwierdzającą, która stanowić będzie załącznik do wniosku o wykreślenie fundacji z rejestru.Wykreślenie fundacji to formalna utrata bytu prawnego i faktyczne jej rozwiązania dokonywane przez sąd rejestrowy. Do druku zgłoszeniowego wykreślenia fundacji, likwidator powinien załączyć: 1.bilans otwarcia likwidacji, 2.uchwałę o zatwierdzeniu bilansu zakończenia likwidacji wraz ze sprawozdaniem likwidacyjnym,3.potwierdzenie podania do publicznej wiadomości informacji o likwidacji fundacji, 4.dowód uiszczenia opłaty sądowej (opłata za wykreślenie fundacji z rejestru wynosi 300,00 zł). Likwidator powinien również pamiętać o konieczności zamknięcia fundacji pod kątem rachunkowo-księgowym. Z uwagi na zakres czynności procesu likwidacyjnego i odmienną praktykę orzeczniczą sądów, likwidacja fundacji jest procesem złożonym. Warto przed podjęciem decyzji o likwidacji zasięgnąć wiedzy prawnika, który pomoże przeprowadzić cały proces. W przypadku fundacji prowadzących działalność gospodarczą podjęcie decyzji o rozwiązaniu fundacji powinno zostać poprzedzone dogłębną analizą dot. ewentualnego spełnienia przesłanek upadłościowych. W przypadku bowiem niewypłacalności fundacji, jej zarząd powinien rozważyć złożenie wniosku upadłościowego. Brak jego złożenia może wiązać się z osobistą odpowiedzialnością zarządu za zobowiązania fundacji.