Wszelkie koszty, jakie wiążą się z likwidacją stowarzyszenia, mogą zostać pokryte z majątku organizacji. Stowarzyszenie zarejestrowane w KRS musi się liczyć z kosztami opłat sądowych. Po pierwsze koszt zgłoszenia o wszczęciu procesu likwidacji organizacji (czyli aktualizacji danych) w rejestrze KRS a drugi to koszt złożenia wniosku o wykreślenie z KRS. Stowarzyszenie bez działalności gospodarczej (tylko w rejestrze stowarzyszeń, fundacji, …): wniosek o otwarcie likwidacji – brak opłat; wniosek o wykreślenie z KRS – 300 zł. Jednak w związku z różnymi informacjami w sądach, w praktyce warto dopytać czy na pewno taka opłata obowiązuje. Stowarzyszenie z działalnością gospodarczą (w rejestrze stowarzyszeń, fundacji, … oraz w rejestrze przedsiębiorców): wniosek o otwarcie likwidacji – 350 zł (250 zł opłata sądowa za zmianę + 100 zł za publikację w Monitorze Sądowym i Gospodarczym); wniosek o wykreślenie z KRS – 300 zł. Dodatkowym kosztem mogą być rzeczy związane z przygotowaniem dokumentów potrzebnych w procesie likwidacyjnym, na przykład sprawdzania finansowego, jeśli organizacja nie jest go w stanie zrobić we własnym zakresie.

Likwidacja stowarzyszenia rozpoczyna się od decyzji walnego zebrania członków stowarzyszenia. Aby „otworzyć” likwidację, formalnie zwołane walne zebranie członków stowarzyszenia musi podjąć formalną uchwałę o likwidacji stowarzyszenia. Uchwała ta winna przede wszystkim zawierać: przyczyny rozwiązania stowarzyszenia, datę rozwiązania stowarzyszenia, wskazanie likwidatorów oraz przeznaczenie majątku stowarzyszenia. Głównym zadaniem likwidatora jest przede wszystkim formalne zgłoszenie otwarcia likwidacji stowarzyszenia do sądu rejestrowego. Likwidator powinien dodatkowo przedłożyć sądowi rejestrowemu: uchwałę o rozwiązaniu stowarzyszenia zawierającą zapisy dot. wskazania przyczyn i daty rozwiązania stowarzyszenia, wskazujące osobę likwidatora oraz określające przeznaczenie majątku po likwidacji stowarzyszenia, podpisaną przez członków stowarzyszenia listę obecności na walnym zebraniu członków stowarzyszenia, listę likwidatorów wraz ze wskazaniem danych adresowych, dowód uiszczenia opłaty sądowej (dla podmiotów wpisanych do rejestru przedsiębiorców opłata wynosi 350,00 zł dla podmiotów zarejestrowanych jedynie w rejestrze stowarzyszeń – 250,00 zł). Likwidator powinien opublikować ogłoszenie o likwidacji stowarzyszenia, w którym wezwie potencjalnych wierzycieli podmiotu do zgłaszania swoich wierzytelności. Następnie wraz z księgowym prowadzącym sprawy stowarzyszenia, likwidator winien opracować sprawozdanie finansowe na dzień otwarcia likwidacji. Likwidator powinien przystąpić do likwidacji majątku stowarzyszenia. W związku z tym, że likwidator zakończył czynności likwidacyjne, powinien zwołać walne zebranie członków stowarzyszenia. Walne zebranie członków stowarzyszenia ma na celu zatwierdzenie sprawozdania likwidatora, zawierającego opis wykonanych przez niego czynności, przedstawionego przez likwidatora sprawozdania finansowego na dzień otwarcia likwidacji, oraz sprawozdania finansowego na dzień zamknięcia likwidacji. Gdy walne zebranie członków stowarzyszenia zatwierdzi sprawozdania finansowe oraz czynności likwidatora, likwidatorowi pozostaje już tylko formalne złożenie wniosku o wykreślenie stowarzyszenia wraz załącznikami, podobnie jak przy otwarciu likwidacji.

Zgodnie z prawem fundacja podlega nadzorowi administracji rządowej i samorządowej. Organem nadzoru nad fundacją ze strony administracji rządowej jest minister właściwy ds. fundacji, wskazywany ze względu na cele, dla jakich została powołana fundacja i zakres działania ministerstwa. Jeśli cele są z różnego zakresu np. związane z edukacją i ochroną środowiska, fundator wskazuje jednego z ministrów – tego, z którym wiążą się główne cele fundacji. Przy wyborze właściwego ministerstwa pomocna może ustawa  o działach administracji rządowej określająca zakres działania ministerstw oraz szczegółowe informacje o zadaniach udostępniane na stronach internetowych poszczególnych ministerstw. Informację o wyborze „swojego” ministra zamieszcza się w statucie fundacji. Dodatkowo fundator sporządza oświadczenie w tej sprawie. Jest ono załącznikiem do wniosku o rejestrację fundacji w Krajowym Rejestrze Sądowym. Drugi organ nadzoru, ze strony administracji samorządowej, jest związany z przynależnością terytorialną. Jest nim starosta powiatu, na terenie którego mieści się siedziba fundacji. W miastach na prawach powiatu są to prezydenci miast. W związku z tym, że nadzór samorządowy ma związek z miejscowością, w której mieści się siedziba fundacji, a jest to informacja podawana w statucie, nie ma potrzeby osobnego zapisu statutowego dotyczącego tej kwestii. Fundator nie składa również odrębnego oświadczenia, w którym wskazywałby starostę. Sam wybór miejscowości siedziby to wskazanie również powiatu, a tym samym organu sprawującego nadzór.

Tutaj również musimy odwołać się do statutu fundacji, aby sprawdzić, kto nim może zostać. W statucie często zapisane jest, że to członkowie ostatniego zarządu, tego, którego kadencja trwa w momencie podejmowania decyzji o likwidacji, stają się likwidatorami fundacji. Oczywiście, dopuszczalne są także inne opcje, np. „likwidację przeprowadza likwidator ustanowiony przez Zarząd, którego obowiązkiem jest działać zgodnie z obowiązującymi przepisami.” Taki zapis statutu jest również popularny, umożliwia on bowiem ostatniemu zarządowi wybór dowolnej osoby na stanowisko likwidatora. Jeżeli statut nie przewiduje likwidacji fundacji lub jego postanowienia w tym przedmiocie nie są wykonywane, minister właściwy dla fundacji lub starosta, zwraca się do sądu o likwidację fundacji.

Z formalnego punktu widzenia przepisy polskiego prawa nie przewidują takiej sytuacji jak zawieszenie działalności organizacji. Nie ma możliwość zawieszenia osobowości prawnej danej organizacji. Fundacje działają, nawet jeśli nie prowadzą działań. Nawet jeśli organizacja wewnętrznie podejmie stosowną uchwałę o zawieszeniu prowadzonych przez siebie działań, nie zwolni ją to między innymi z obowiązków związanych ze składaniem corocznych rozliczeń do urzędu skarbowego przez organizację, sporządzania sprawozdań finansowych, wykonywania obowiązków związanych z zapisami statutowymi organizacji. Decyzja o czasowym zawieszeniu działalności organizacji jest jej wewnętrzną decyzją, organizacja nie ma obowiązku zgłaszania czasowego zawieszenia działalności do żadnego z urzędów, ponieważ w świetle prawa dalej będzie funkcjonowała jako osoba prawna.

Opłata za wykreślenie organizacji z KRS to 300 zł. Jeśli wniosek jest przesyłany pocztą do wniosku dołączamy także potwierdzenie przelewu dokonania opłaty sądowej albo wniosek o zwolnienie z tej opłaty.