Wszelkie koszty, jakie wiążą się z likwidacją stowarzyszenia, mogą zostać pokryte z majątku organizacji. Stowarzyszenie zarejestrowane w KRS musi się liczyć z kosztami opłat sądowych. Po pierwsze koszt zgłoszenia o wszczęciu procesu likwidacji organizacji (czyli aktualizacji danych) w rejestrze KRS a drugi to koszt złożenia wniosku o wykreślenie z KRS. Stowarzyszenie bez działalności gospodarczej (tylko w rejestrze stowarzyszeń, fundacji, …): wniosek o otwarcie likwidacji – brak opłat; wniosek o wykreślenie z KRS – 300 zł. Jednak w związku z różnymi informacjami w sądach, w praktyce warto dopytać czy na pewno taka opłata obowiązuje. Stowarzyszenie z działalnością gospodarczą (w rejestrze stowarzyszeń, fundacji, … oraz w rejestrze przedsiębiorców): wniosek o otwarcie likwidacji – 350 zł (250 zł opłata sądowa za zmianę + 100 zł za publikację w Monitorze Sądowym i Gospodarczym); wniosek o wykreślenie z KRS – 300 zł. Dodatkowym kosztem mogą być rzeczy związane z przygotowaniem dokumentów potrzebnych w procesie likwidacyjnym, na przykład sprawdzania finansowego, jeśli organizacja nie jest go w stanie zrobić we własnym zakresie.